內鏡室位于門診三樓東區，總面積約900平方米，由以往分散于各個科室的消化內鏡、呼吸內鏡、鼻咽鏡、宮腔鏡，膀胱鏡聯合組建而成，集中設置、集中使用、集中管理。便于資源共享、統管，提高了業務活動率、設備利用率和經濟效益。內鏡室是集內鏡下診斷、治療、科研、教學為一體的綜合性科室，是目前全市最大、設備最先進、檢查治療項目最齊全的內鏡中心。內鏡室共有數十余間診療室，其中分胃鏡檢查室、腸鏡檢查室、喉鏡診療室，氣管鏡診療室，膀胱鏡診療室和宮腔鏡診療室，以及麻醉準備室和麻醉蘇醒間。